Moi, j'avoue avoir choisi en fonction de la réputation et du bouche à oreilles.
Résultat, j'ai accouché en clinique privée les deux fois. Mais on m'aurait dit du bien de l'hopital, j'y serais allée.

Par contre, j'ai fait attention que ces cliniques soient conventionnées afin de pouvoir être remboursée. Car voici les differences:
En clinique privée, il faut distinguer, pour les frais de séjour, selon qu'elle est conventionnée, agréée et non conventionnée, ou non agréée :
- dans une clinique conventionnée, le remboursement est de 100 % sur la base des tarifs conventionnels de la Sécurité sociale et l'assurée devra parfois en faire l'avance ;
- dans une clinique agréée non conventionnée, elle sera remboursée en fonction des tarifs d'autorité et devra en faire l'avance ;
- enfin, dans une clinique non agréée, les frais de séjour ne sont pas remboursés, sauf en cas d'urgence. Les honoraires médicaux, quant à eux, seront remboursés en fonction de la convention passée par le médecin avec la Sécurité sociale. ( source=droit.pratique.fr)

Ensuite, on peut être amené à choisir en fonction du lieu où pratique son médecin.

Il y a aussi les différences au niveau "urgence" à prendre en compte. De ce fait, les maternités sont classées en 3 niveaux:
niveau I: unité d'obstetrique
niveau II : unité d'obstetrique + unité de neonatalogie
niveau III : unité d'obstetrique + unité de neonatalogie + réanimation neonatale.
Dans le cadre d'une grossesse sans risques, un niveau I est suffisant sachant qu'en cas de problème, un transfert sera effectué.

On peut aussi choisir en fonction du type d'accouchement proposé: traditionnel, péridurale ambulatoire, accouchement dans l'eau...

Il y a aussi le coté séjour à prendre en compte: durée du séjour, activités proposées, chambre individuelle ou non, accueil du papa possible, pro-allaitement ou non...
Il y a donc pleins de facteurs à prendre en compte qui differeront d'une maman à l'autre.